Cirkono turintis natūralus silikatas ZrSiO4 vadinamas cirkoniu (Cirkonas) arba hiacintas (hiacintas) plačiai paplitęs gamtoje, turintis įvairių gražių spalvų nuo oranžinės iki raudonos, nuo senų laikų laikomas brangakmeniu, sakoma, kad žodis cirkonis kilęs iš arabiško žodžio Zarqūn, kuris yra cinobaras, taip pat sakoma, kad jis kilęs iš persų žodžio Zargun, kuris yra auksas, o hiacintas kilęs iš graikiško žodžio "lelija", o Šri Lankos salų šalis Indijos vandenyne yra daug cirkonio. Brangakmeniai, kurių sudėtyje yra cirkonio kaip cirkonio formos, buvo žinomi nuo seniausių laikų.
1789 m. vokietis MHKlaprothas išsiaiškino, kad tiriant cirkonį jis buvo eutektinis su natrio hidroksidu, aušinimo skystis ištirpintas druskos rūgštimi, į tirpalą įpilta kalio karbonato, nuosėdos filtruojamos ir išvalytos, o po to nuosėdos sumaišomos. virinama su sieros rūgštimi, o po to silicio oksidas buvo nufiltruotas, o kalcis, magnis , taip pat nesąveikavo su rūgštimi, pavyzdžiui, magnio oksidu, Klaproth manė, kad šios nuosėdos skiriasi nuo anksčiau žinomų oksidų ir buvo sudarytos iš Zirkonerde (cirkonis, vokiečių kalba), o netrukus prancūzų chemikas de Both Morueau ir Vauquelin patvirtino MH teisingumą. Klaproto analizė, lotyniškas elemento pavadinimas yra cirkonis, o simbolis yra Zr, kuris kinų kalboje verčiamas kaip cirkonis.
1808 metais britas H.Davy panaudojo elektros srovę cirkonio junginiams skaidyti, nesėkmingai, 1824 metais švedas JJ Berzelius pirmą kartą panaudojo kalį redukuodamas K2ZrF6, kad pagamintų metalinį cirkonį, tačiau jis nebuvo pakankamai grynas, reakcijos formulė buvo tokia: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, reakcija taip pat gali būti naudojama Na kaip reduktorius, iki 1914 m. du mokslininkai Lely ir Ham metalo baltumo karštų lempų gamykloje Nyderlanduose Brugeryje. sunaudojo bevandenį cirkonio tetrachloridą ir natrio metalo perteklių į tuščią rutulį, pakaitintą elektros srove iki 500 laipsnių ir gautas grynas metalinis cirkonis.
Visiškai gryną cirkonį tik 1925 m. pagamino olandų chemikai Antonas Eduardas van Arkelis ir Janas Hendrikas de Boeris, skaidydami cirkonio tetrajodidą (ZrI4). Cirkonis gaminamas dideliais kiekiais kaitinant cirkonio tetrachloridą su magniu.